Au début de la saison 2006, Alberto Contador confirme ses progrès entrevus l’année précédente. Le Madrilène est toujours performant sur l’épreuve chronométrée, en atteste une 4ème place sur le prologue de Paris-Nice et une 8ème sur le contre-la-montre final du Tour du Pays Basque, dont il prend la 5ème place du général. Il choisit ensuite les routes helvètes pour préparer le Tour de France, et enlève une étape à la fois en Romandie et sur le Tour de Suisse. De quoi lui donner de nombreux espoirs quand à la Grande Boucle qui arrive, plus ouverte que jamais avec la retraite de Lance Armstrong. Mais Contador ne mettra finalement pas ses roues en France.

La faute à l’Affaire Puerto. Le 30 juin, une liste de 31 coureurs paraît, et le nom de Contador ressort ainsi que ceux de 15 de ses coéquipiers, désormais indésirables sur les courses. La formation de Manolo Sainz, dont le sponsor Liberty-Seguros s’est retiré un mois plus tôt à cause de cette affaire, ne peut présenter assez de coureurs au départ de la Grande Boucle le lendemain et reste à quai. Alberto Contador sera finalement blanchi par la justice espagnole le 26 juillet, et voit en la Vuelta un bel objectif de fin de saison. Mais une chute sur le Tour de Burgos, qui lui fit perdre connaissance, mettra prématurément un terme à sa saison. – Adrien Godard